年次有給休暇取得時の賃金は３つの方法を選択しなければなりませんが、そのうちの「通常の賃金」に含まれる歩合手当等に誤解があるようですね。

労働基準法第３９条第６項において、年次有給休暇（以下、年休）を取得した日の賃金は、次の３つの内のいずれかのもので支払わなければなりません。
①通常の労働日の通常の賃金
②平均賃金
③健康保険法第３条に定める標準報酬日額（ただし、この場合は労使の書面協定がある場合に限る）

上記の内、最も使用されているのが「①通常の労働日の通常の賃金」です。

基本給や役職手当など金額が固定されているものであれば間違って計算することもありません。（いつもの賃金を全額払えばよいということ）

しかし、ここに歩合給などが含まれると間違って計算している場合が多いようです。

つまり、「年休のときは働いていないのだから、歩合給は不要だろう」と計算から省いてしまうという事態です。

これは間違いです。労働基準法施行規則第２５条第１項第６号では、
「出来高払い制その他の請負制によって定められた賃金については、その賃金算定期間（当該期間に出来高払い制その他の請負制によって計算された賃金がない場合においては、当該期間前において出来高払い制その他の請負制によって計算された賃金が支払われた最後の賃金算定期間。以下同じ。）において出来高払い制その他の請負制によって計算された賃金の総額を当該賃金算定期間における総労働時間数で除した金額に、当該賃金算定期間における１日平均所定労働時間数を乗じた金額」としています。

したがって、歩合給などについても除外せずに、上記の施行規則のルールに則って計算しなければなりません。

除外したまま放置すると「賃金未払い」となり労働基準法第２４条に抵触することにもなりますので、何卒ご注意ください。